通过跟踪丹尼尔斯的护照，沃森发现这个“黑石楠”的叛徒去了摩洛哥，他命人定位丹尼尔斯所在的旅馆房间，又给摩洛哥的“黑石楠”杀手达什下指令，让他干掉丹尼尔斯。帕森和伯恩也到了摩洛哥，她用自己的电脑接通了中情局资料库，截获了给杀手的指令，伯恩让她假冒反恐局之名给杀手发一条短信，要杀手在一街头咖啡馆外拿新手机，这样伯恩就可看清杀手的真面目，并跟随杀手，找到丹尼尔斯。杀手达什取了手机，骑着轻便摩托向劫杀地点行去，伯恩亦骑摩托跟随，而在反恐局，帕森潜入中情局资料并给达什发短信的行为被特工查出，沃森听到这事儿，心知帕森已和伯恩站在同一战壕内，便让手下给达什新的任务，命其干掉丹尼尔斯后，再取了帕森和伯恩的性命。对沃森滥杀人的举动，兰蒂激烈反对，可沃森我行我素，根本不听兰蒂的劝告。

达什收到新任务短信，机警的他通过摩托的后视镜，见下一个要杀的人就跟在身后，达什不露声色，来到计划中劫杀丹尼尔斯的地点，他把摩托停在路边，向前走了一段路，将背着的包裹扔在路边，跟着他的伯恩看见达什如此动作，恍悟包裹中定是炸弹，恰丹尼尔斯的奔驰车也驶来，伯恩赶紧上去拦住丹尼尔斯，达什按下引爆器，爆炸的却不是包裹，而是丹尼尔斯车边的达什的摩托，原来包裹只是一诱饵，引伯恩上当用的，当伯恩阻挡丹尼尔斯的奔驰车，便让炸弹直接在奔驰车边爆炸了。丹尼尔斯当场给炸死，离车不远的伯恩也给震晕，达什以为二人皆死，转身换了一辆摩托，回咖啡馆杀帕森。

爆炸现场乱成一片，嘈杂声中，伯恩渐渐醒来，他明白达什去找帕森了，就偷了一辆摩托，向咖啡馆方向驶去，由于伯恩离爆炸现场最近，摩洛哥警方认为他就是嫌疑犯，故对伯恩展开追击。伯恩驾摩托在摩洛哥城市如迷宫般的小巷里穿行，将警车甩在身后。一直坐在咖啡馆等伯恩的帕森听见了爆炸声，她不知伯恩和丹尼尔斯的生死，正犹豫该不该走？却远远见达什返回，帕森意识到自己成了杀手下一个目标，她起身向集市走去，边走边分拆手机，将手机零件扔在地上，为伯恩留下线索。

达什也进了集市，他被人流挡着，无法立刻追上帕森，只好远远盯着，伺机下手。按帕森留下的手机零件指示，伯恩亦找到集市，人群中，他看不到帕森或达什的踪迹，就登上旁边的小楼顶，向四周瞭望，这时候摩洛哥警察发现了伯恩，同时，伯恩也看到远处的帕森。在警察的追捕下，伯恩双手缠着从楼顶得到的布带，翻过插满玻璃的土墙，向帕森所在的那幢小楼飞奔而去。帕森躲在小楼里，看着达什的身影出现在楼梯上，达什手持无声手枪，双眼在昏暗的楼道中搜索目标，眼看他就要搜到帕森的藏身处了，伯恩如天兵突降样从邻楼跃下，撞破窗户进入房间。达什举枪欲射，伯恩已扑上来，打掉他的手枪，与他在狭小的房间内展开拳脚拼搏，双方从卧室打到浴室，原本不占优势的伯恩利用一机会压在达什身上，以浴巾勒住他的脖子，直到他气绝身亡。了断了达什，伯恩让帕森以达什的手机发送任务完成的信息，再送帕森去汽车站，让她好好隐藏起来。随后，伯恩买通摩洛哥保管爆炸现场物品的人员，在丹尼尔斯被烧毁的随身物中找到一张纸片，纸上有纽约反恐局的地址，伯恩即启程赴美，直捣“黑石楠计划”的心脏。

沃森收到达什任务完成的短信，还不放心，让摩洛哥分部派人去验证尸体，那边回报说尸体是达什的。已对沃森不信任的兰蒂得到手下密告，一本伯恩从来没有用过的护照出现在美国海关，兰蒂知道伯恩回来定有目的，就在机场发通告，以暗语告知伯恩与自己联系。来到一处制高点，伯恩观察着反恐局内部情况，他见沃森将一些资料放入保险柜里，就打定主意搞到这些文件，伯恩打电话给兰蒂，两人交谈间，兰蒂说伯恩生于71年4月15日，并谢谢他将录有沃德罪行的录音带寄给自己。他们的通话让沃森手下窃听了，沃森令人盯着兰蒂，兰蒂走出反恐局大楼，收到一条短信，约她在某地会面。沃森也看到这条短信，毫无疑问短信是伯恩发的，沃森带着手下全体出动，赶到会面地点埋伏，等了一会儿，不见伯恩踪影。其实此为伯恩调虎离山之计，他利用特工全部出勤，反恐局内部空虚的机会，潜入沃森的办公室，接着，他给沃森打了个电话，取得其声音样本，用之解开了保险柜的密码锁，把“黑石楠计划”的全部文件取走。沃森意识到自个儿上了当，为时已晚，他让特工封锁附近所有街道，一定要把伯恩杀掉。在停车场，伯恩被特工发现，他偷了一辆车，从停车场顶层跃下，和追杀他的特工在道路上进行生死竞赛，最后，二人的车双双翻倒，伯恩事先抓着安全带，只受轻伤，而追他的特工却给卡在车内，动弹不得。

特工向沃森报告一件怪事，兰蒂告诉伯恩的生日日期不对，沃森回想71415这组数字，马上清楚了兰蒂的用意，兰蒂这是暗示伯恩，因为伯恩受训地，“黑石楠计划”的杀手训练营就在东71街415号。待沃森赶到415号，兰蒂已从伯恩那儿得到文件，以传真机全部发走，她对呆若木鸡的沃森说请一个好律师吧。伯恩来到自己申请加入“绊脚石计划”的那间房，训练过他的赫斯医生正等在那儿，三年来失去的记忆此刻终于回到伯恩的脑海中，他被丹尼尔斯推荐，加入杀手计划，就在这间房内，他打死一蒙面人，表示自己自愿成为计划中一分子。

特工追来，伯恩逃上楼顶，由十楼跳下，坠入河中。兰蒂向国会调查委员会作证，中情局杀手计划丑闻为媒体曝光，克雷莫、沃森、赫斯等人被起诉。远在他乡的帕森通过电视看到了这则报道，关于伯恩的下落，新闻说警方在其跳落的水域搜索三天无果，帕森笑了，她知道，超级特工伯恩还活着，只是过另一种平静的生活去了。