慕尼黑的一套公寓里，前“绊脚石行动”成员进屋，觉情况有异，便从冰箱中取出备枪转身指向从身后靠近的伯恩，伯恩淡淡道手枪里的子弹已经卸掉了。该成员无奈按照伯恩的吩咐自缚双手，在伯恩的逼问下，他道出康克林已死，这让伯恩非常惊讶，因康克林是伯恩认识的“绊脚石行动”的唯一指挥官，他死了，伯恩该去找谁弄清玛丽被害的真相呢？就在伯恩思考的时候，电话突然响了，成员趁伯恩分神的一瞬间冲上去打掉其手中的枪，二人你来我往在居屋中缠斗，成员欲用电话线勒杀伯恩，结果反为伯恩所制。干掉对手后，伯恩清楚行踪已暴露，后援的杀手很快到来，他弄断天然气管道，将报纸塞入烤面包机，做成一简单的定时器，才从后门出屋，开车离去。增援杀手赶到，未等进门，公寓就发生爆炸，杀手们被炸得飞出去十来米远。

到达柏林，伯恩挨个儿给旅馆打电话，询问有没有叫帕玛拉兰蒂的住客，以这种方法，他找到兰蒂所在的旅馆，又通过服务台查到兰蒂房间号，如此，伯恩暗中监视兰蒂，随着她找到中情局工作小组的驻地，在附近的楼顶上，伯恩将狙击步枪瞄准镜的准星对准了兰蒂的头部，接着打电话问兰蒂她是否就是“绊脚石计划”的新任负责人？兰蒂却说“绊脚石计划”早已取消，反问伯恩为什么杀掉她手下的特工和俄国线人？兰蒂的问题让伯恩不明究理，他模糊记着自己第一次任务就是在柏林杀了一对俄国夫妻，但那是几年前的事了，而兰蒂指责他的事儿却是刚刚发生的。为了弄清事情的原委，伯恩决定和兰蒂接触，他见曾与之有一面之缘的女特工帕森就在兰蒂身边，就让兰蒂安排帕森于指定时间在指定地点与自己会面。

中情局特工们照兰蒂的策划，在会面地点——一广场周围布置下天罗地网，帕森按时到达等候伯恩出现，可伯恩却非自投罗网的蠢材，他早了解到会面时间段广场会有群众集会，所以才挑此处约帕森。游行人流进入广场，周围特工们的视线被搅扰，伯恩混在人流里靠近帕森，将她带上电车，兰蒂急令手下冲上电车捉拿伯恩，可当特工们上了电车，却见伯恩和帕森已从另一门下车，消失在人海中了。伯恩把帕森带到地下车库的楼梯间，帕森以为伯恩想杀自己，哭泣着求饶，伯恩问她为什么兰蒂追着自己不放，帕森就将柏林任务失败的过程详细的讲给了伯恩，说现场留下的杀手指纹是他的，兰蒂追踪他就不足为奇了。伯恩辩解道柏林任务进行当时，自己和女友在印度，怎么可能来德国做杀手？并且自己也被追杀，女友因而送命。说罢，伯恩掉头而去，通过帕森身上的窃听装置，兰蒂听到了伯恩的表述，她问沃德这是怎么回事儿？沃德狂躁的回答此为伯恩的诡计，沃德的失态让兰蒂颇感意外，她隐约感觉沃德似乎隐藏着什么不可告人的东西。

伯恩从帕森那儿知道柏林任务的调查目标是耐斯基之死，他找到一家网吧，上网查耐斯基的资料，了解到几年前，耐斯基夫妻死于柏林酒店，警方说这是妻子杀夫后自杀案。看到这则新闻，伯恩记忆中的片断又浮现出来，耐斯基夫妻会是那片断中被他杀掉的一男一女吗？伯恩决定顺着耐斯基这条线找下去。来到耐斯基夫妻被害的酒店，伯恩进入罪案现场——酒店的一间套房，四周熟悉的景物刺激了他的脑神经，他想起来了，当年，就是他，手拿毒剂针，潜入这房间欲刺杀耐斯基，然耐斯基的妻子在场，伯恩临时改变计划，用手枪打死了这对夫妻，伪造成杀人自杀现场后离去。这是他加入“绊脚石计划”后的第一次任务，上司告诉他如此做为了保障国家安全，而现在伯恩觉得自己成了某些人实现私利的工具。

中情局行动组内，兰蒂还在查伯恩的下落，特工索恩找到沃德，说他发现一些柏林任务的细节，要求沃德随自己去任务现场看看。二人离开时，被兰蒂注意到，进入现场的配电室，索恩指着发现指纹的那块引爆装置说该装置其实是多余的，他怀疑伯恩的指纹是被真正的杀手加上去栽赃的。听了索恩的解释，沃德一面称赞，一面掏出匕首刺入索恩心脏。

德国警察依据兰蒂透露的伯恩照片发出通缉令，很快，特种部队便包围了伯恩所在的酒店，伯恩顺着排水管爬到房顶，再利用柏林复杂的水道和铁路系统躲过了警察的追捕。兰蒂等人也进入耐斯基案发生的那间套房，对这间房间，兰蒂亦熟悉，她就是调查耐斯基案的直接负责人。这时德国警方报称找到索恩的尸体，兰蒂马上明白凶手是谁，她随即返回行动组下榻的地方找沃德。失魂落魄的沃德在自个儿的房间里打电话给尤里，让尤里快想法子解决伯恩，以免他和尤里合伙盗用中情局经费投资俄国石油市场，还杀害知情人耐斯基的事儿曝光，尤里却不愿再管这事儿，沃德放下电话，感自己的末日来临了。就在沃德已近崩溃时，伯恩找到他，责问他为何杀害玛丽，沃德说不得不这么做，说伯恩上了玛丽的车后，玛丽就只有一死了。伯恩把沃德的讲话录下来，转身离去，他走后，兰蒂进入沃德的房间，沃德向兰蒂坦承一切，就举枪自杀了。

中情局仍在查伯恩的下落，通过车站的监控录像，特工发现伯恩上了去莫斯科的列车，兰蒂知道伯恩去俄国是为了什么，她接通俄内务部的电话，将尤里在耐斯基一案中所犯罪行告知了俄方。